原子力显微镜探测到的原子力由两种主要成分组成：一种是吸引力即范德瓦耳斯力；另外一种是电子云重叠而引起的排斥相互作用。
原子力显微镜AFM扫描的时间较短，如果扫描一幅图像需要十多分钟，那么周围的点干扰，光干扰以及震动，温度的变化等因素会直接影响到图像的准确性及完整性。
原子力显微镜的针尖是整个仪器很脆弱的部分，一碰即断，所以要防止一切物体与针尖直接接触，实验过程中，若实验采用的是接触模式，周围环境的震动会影响到图形的测量结果，因此需要尽量保持实验桌的稳定，否则可能会破坏扫描出来的图像。
原子力显微镜AFM的优点
1、具有原子级的高分辨率，也就是可以分辨出单个原子，且放大倍率连续可调（几百倍-上千倍）；与传统的电子显微镜，特别是与扫描电子显微镜相比，原子力显微镜具有非常高的横向分辨率（0.1-0.2nm）和纵向分辨率（0.01nm）。
2、能够实时的观测表面的三维立体图像，这种实时观测的性能可以用于表面扩散等物理化学过程的监视及检测。
3、可以在真空，大气，常温等不同的环境下进行工作，甚至可以将样品浸在水里面或是其他溶液中，并且不需要特别的制样技术。探测的过程中不会对样品造成损伤。可以对导体，半导体，绝缘体等多种样品进行观察，可用于各种表面膜的实时观测。
4、不需要高真空的必要工作条件，且体积小，成本低，性价比高，远远低于一般的扫描电镜。