应用原子力显微镜可以监测分子束外延后CdTe/Si复合衬底的表面情况。Si基衬底分子束外延后的CdTe薄膜表面不是很致密而是存在一些微观凹坑，峰谷值P-V为7.67nm，宽度为1.9um。利用afm原子力显微镜对薄膜表面的微观缺陷的观测和表征，精度可以达到纳米量级。这种精度是SEM（扫描电镜）的一些其他表面形貌测试设备所不能比拟的。
应用原子力显微镜可以监测碲镉汞衬底经过机械抛光和化学抛光后材料表面的粗糙程度。碲镉汞衬底上外延的MCT，除了受外延条件的影响，也受到衬底表面的影响，衬底表面的缺陷也有会表现在外延片上。所以，相对于平整衬底上的外延，会减小外延片的粗糙度。在工艺投片前，外延片选择1um金刚石机械抛光和化学抛光（CP）。
在经过1um金刚石机械抛光之后，MCT表明粗糙度Ra为6.7nm，峰谷值P-V为73nm，经化学抛光，此两值减小为1.9nm和11nm。此时的MCT表面较为平行度和粗糙度都非常好。afm原子力显微镜可以很直观和准确的对抛光后的表面粗糙度进行评价，对抛光工艺的改良起到一定指导作用。
应用原子力显微镜可以很准确的对镉汞衬器件工艺中的接触孔进行表征。afm原子力显微镜分析接触孔，具有简便、直观、准确的优点。通过原子力显微镜在材料工艺中的应用，可以直观的得到样品的表面形貌，利于改良材料工艺中的抛光环节。精度高，抗干扰能力强，扫描结果直观、准确，afm原子力显微镜在材料器件工艺测试中发挥了巨大作用。