原子力显微镜制备样品时有以下几点需要注意：
1、洁净度要求
由于AFM原子力显微镜的分辨率非常高，几乎任何杂质都可能被看见，所以对样品的洁净程度要求很高。样品、水、缓冲液、所用的枪头和试管以及操作环境都要尽可能干净，避免引入颗粒性杂质，如灰尘和细菌等。
2、样品浓度
原子力显微镜成像所需的样品浓度：DNA 0.5ng/uL，蛋白质1ng/uL，脂质体1mg/mL。
3、吸附策略
脂质体和蛋白质可以直接吸附，而DNA由于带负电需要加入二价阳离子如Mg2+、Ni2+、Ca2+等才能吸附在带负电荷的云母表面。
4、制样方法
制样时取5-10uL样品滴加在新鲜解理的云母表面，吸附1-2分钟后用MilliQ水冲洗掉多余的样品。空气中成像时需要用高纯氮气把样品吹干然后上样，溶液中成像则可以直接上样。