一、与光学显微镜及透射电镜相比，扫描电镜的特点有：
1、可以直接观察样品的表面结构，并且能够从各种角度对样品进行观察。样品的尺寸可以大到120mm×80mm×50mm。
2、样品的制备过程较简单，不需要切成薄片。
3、图像具有立体感。扫描电镜的景深比光学显微镜的大几百倍。
4、分辨率较高，图像放大的范围广。可放大到十几倍到几十万倍，它基本包括了从放大镜、光学显微镜直到透射电镜的放大范围。其分辨率介于光学显微镜与透射电镜之间，可达3nm。
5、电子束对样品的损伤和污染程度都比较小。
6、在观察形貌的同时，还能够利用从样品发出的其他信号对微区成分进行分析。
二、原子力显微镜
跟扫描电子显微镜相比，原子力显微镜拥有很多优点。首先原子力显微镜能够提供三维的表面图，而且不需要对样品做任何其他处理，如镀铜或碳，这种处理可能会对样品造成不可逆转的伤害。其次，电子显微镜是需要在高真空的条件下运行，原子力显微镜不仅能够在常压下正常工作，在液体环境下也可以保持良好工作。可用来研究生物的宏观分子，甚至是活的生物组织。
三、扫描隧道显微镜
1、高分辨率的扫描隧道显微镜拥有原子级的空间分辨率，其横向的空间分辨率为 l，纵向的分辨率达0.1，
2、扫描隧道显微镜可以直接探测样品的表面结构，能够绘制出立体的三维结构图像。
3、扫描隧道显微镜可以在真空，常压，空气，甚至是溶液中探测物质的结构。因为无高能电子束(如辐射， 热损伤等)，所以不会对表面造成破坏。因此能够对生理状态下生物大分子以及活细胞膜表面的结构进行研究，样品不会受到损伤而保持完好。
4、扫描隧道显微镜扫描的速度非常快，成像也快并且获取数据的时间短，有可能会用于开展生命过程的动力学研究。
5、不需要任何透镜，体积小，有人会称其为"口袋显微镜"。