由于原子力显微镜是对固定在表面的样品进行成像，所以固定样品的载体(也称基底)对于能否得到理想的结果是至关重要的。一个理想的基底应具有以下特点：在实验室环境下具有化学稳定性、容易制备、相对便宜、能简便的进行修饰并且能长时间保存。对于许多分析目的而言，理想的基底应包括较大范围的相当平整的区域，这-点是相当重要的。
AFM原子力显微镜的成像载体种类比较多，根据研究工作对成像载体表面粗糙度及其它表面特性的要求可选择云母片、硅片、玻璃片、金膜、生物膜、石墨等做基底，其中*常用的是云母。云母是一种相当平的基底，几平方微米范围内的表面粗糙度只有几埃，吸附能力强，价格便宜，容易剥离得到新鲜洁净的表面，且可进行化学修饰。云母的这些优点决定了它是-种理想的基底，能用于许多物质的成像，如从DNA到活细胞的成像都能采用云母作为基底。金膜和硅片也用得比较多，虽然金膜较云母贵，但它易于与疏基化合物得用Au-S键形成牢固的共价键合。通过对其末端基团进行修饰、控制，可以得到不同性质的表面。由于这种固定方法主要是利用结合比较强的Au-S键，所以固定效果好，无论原子力显微镜在大气还是在液体中成像或进行力曲线测定都可以。
目前，如何获得更好的AFM原子力显微镜成像载体以满足不同实验要求方面的研究工作也是一个很有意义的研究方向。