原子力显微镜探针与样品表面原子之间存在多种作用力，其中包括范德瓦耳斯力、排斥力、静电力、形变力、磁力、化学作用力等。AFM原子力显微镜使用时，会消除出来范德瓦耳斯力以及排斥力之外作用力的影响;再加上，除了以上两种力之外，其他力本身也相对较小。
因此，原子力显微镜探测到的原子力主要由范德瓦尔斯力以及排斥力组成。其中范德瓦耳斯力为吸引力，排斥力的本质为原子电子云之间的相互作用，其本质为一种量子效应。
怎样使用AFM原子力显微镜，才能较好地保护探针?
探针价格较为昂贵，操作可能损坏探针的时候应该缓慢、小心。在将样品靠近探针的过程中，先顺时针旋转粗调旋钮，在样品距离探针约为1mm的地方改用细调旋钮。调整细调旋钮的时候，观察控制机箱上的读数。
在这个过程中，始终注意观察，以免使得样品过于靠近探针，压坏探针。在测量过程中，注意扫描频率不要太快，以免损伤探针。原子力显微镜使用完后，必须先逆时针旋转细调旋钮，再逆时针旋转粗调旋钮，以取出样品，以避免对于探针的损伤。