样品的预处理：在原子力显微镜下看样品表面是否干净，平整，如果有污染或不平整，务必重新制样。虽然针尖能测试的有效高度为6微米，水平范围100微米。但事实上，水平和高度方面任接近何一个J限，所测得的图象效果将很差，且针尖很容易破坏和磨损。
下针：在选好模式下针前，务必找到样品表面，调好焦距。扫描范围先设置为0，当针尖接触到样品表面后，再扩大扫描范围，保护下针时破坏针尖。
扫图：为了得到好的图象，须调好trace和retrace，一般来说调电压效果会好一些。探针在多次使用后或样品表面比较粗糙，扫描范围太小时，trace和retrace重合会比较困难，可以增大扫描范围或将样品烘干后再测。测试时应保持安静，空调等低频噪音也会影响测试;如果环境太吵，可以降低图象分辨率，减小外界的影响，或降低扫描频率。
Integral gain和 Proportional gain：反馈系统的两个增益值主要用来设定探针的反馈能力。适当提高I gain和P gain的值以提高系统的响应性，但是这两个参数不宜过高，否则会使扫描器振荡，致使图像出现失真。