反馈控制是原子力显微镜系统的核心工作机制，在工作过程中，通过探针，可以得到探针与样品相互作用的强度，从而电压受到改变，该电压是加在样品扫描器垂直方向的，会造成样品伸缩，调节探针和被测样品间的距离。反过来控制探针一样品相互作用的强度，实现反馈控制。AFM原子力显微镜系统采用的是数字反馈控制回路，用户在控制软件的参数工具栏时，可以通过参考电流、积分增益和比例增益几个参数的设置来控制该反馈回路的特性。下面一起来看看原子力显微镜有哪些优缺点。
一、优点：
与扫描电子显微镜相比，原子力显微镜的优点有很多。
①电子显微镜只提供二维图像，而AFM原子力显微镜提供的则是真正的三维表面图；
②再者原子力显微镜无需对样品进行任何的特殊处理，比如镀铜或碳，如果经过处理，那么就会对样品造成不可逆转的伤害;
③电子显微镜需要在高真空条件下运行，而AFM原子力显微镜不管是在常压下，还是在液体环境下，都可以很好的运行。这样对研究生物宏观分子，或者是活的生物组织都十分的有利。因为可以观测非导电样品，所以适用性更为广泛。当前在科学研究和工业界广泛使用的扫描力显微镜，其基础就是原子力显微镜。
二、缺点：
和扫描电子显微镜（SEM）相比，原子力显微镜的缺点在于成像范围太小，速度慢，受探头的影响太大。