原子力显微镜也存在一些局限性。首先,其针尖是锥形的,使用一段时间后会变钝、尖部增宽,导致分辨率下降。在观察标本后针尖会被标本污染,再次使用需要清洗。并且针尖会对生物样本造成损伤。其次,在观察液态标本时,由于表面张力和静电斥力等因素会产生干扰信息,使得分辨率下降。
在新世纪的医学行程中我们看到，人类面临着疾病的威胁远远不能达到理想的征服水平，还B须向更深一步的微观世界进行探索。纳米科技研究的重要仪器AFM原子力显微镜的微观表现和操纵技术将给医学带来变革。对原子力显微镜进一步改进的同时我们应该看到：用AFM原子力显微镜一旦开展工作，带动一批研究项目，如细胞的一系列分子生物学研究(DNA、膜、离子通道、受休、基因、细胞因子等)，提高医学基础科研水平，为临床发展提供动力和线索:能够解决临床上的一些疑难的疾病诊断和鉴别诊断等问题，为指导治疗提供依据和思路。如果我们将细胞学、免疫学、分子生物学、生物物理学等与原子力显微镜技术有机地结合起来，将AFM原子力显微镜和其他仪器设备(如透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦扫描显微镜、生物质谱、核磁共振、X射线晶体衍射等)有机地结合起来，相互补充、取长补短，一定会获得很好的研究结果。应用原子力显微镜这一把微观世界的钥匙，打开医学奥妙大门的日子已经离我们越来越近了。