原子力显微镜在单分子研究中的应用主要体现在以下几个方面：
单分子成像：AFM原子力显微镜可以在生理缓冲液、环境温度和压力条件下对未标记的单分子进行成像。这种成像能力使得研究者可以在原生环境中观察分子的动态行为，从而获取更真实、更准确的分子构象信息。
单分子力谱分析：原子力显微镜单分子力谱法被广泛应用于研究生物分子间的相互作用力。例如，研究者利用AFM原子力显微镜针尖与样品表面的分子间作用力，通过测定单对链霉亲和素/生物素相互作用力，验证了单分子力谱在研究单对生物分子相互作用中的可行性。此外，这种方法也被用于研究蛋白质/蛋白质、蛋白质/DNA相互作用，以及蛋白质去折叠等过程。
生物分子构象细节的实时观察：高速原子力显微镜（HS-AFM）技术通过集成短悬臂梁和开发更快的扫描仪及反馈操作，能够获得单个生物分子实时的纳米地貌信息。这有助于研究者更深入地理解生物分子的动态行为及其与其他分子的相互作用。
综上所述，AFM原子力显微镜在单分子研究中具有广泛的应用前景，为研究者提供了一种在原生环境中观察和分析生物分子的有力工具。然而，需要注意的是，尽管原子力显微镜具有许多优点，但其分辨率仍然存在一定的限制，这可能会影响到对生物分子构象细节的评估。因此，在实际应用中，研究者需要根据具体的研究需求和实验条件来选择合适的AFM原子力显微镜技术。